Наш поставщик сорвал сроки поставок. Мы выставили ему штрафные санкции. По договору есть небольшой остаток платежа, который мы должны будем оплатить после факта поставки. Можно ли зачесть начисленный штраф, согласованный с поставщиком, в оплату по договору?

Рассмотрим понятие обязательства и основания его возникновения.

Согласно ст. 307 ГК РФ в силу обязательства одно лицо (должник) обязано совершить в пользу другого лица (кредитора) определенное действие, как-то: передать имущество, выполнить работу, уплатить деньги и т. п., либо воздержаться от определенного действия, а кредитор имеет право требовать от должника исполнения его обязанности.
Обязательства возникают из договора вследствие причинения вреда и из иных оснований, указанных в ГК РФ.
Обязательство Вашей организации перед поставщиком по оплате остатка стоимости за поставленный товар возникло из договора.
Штрафные санкции выставлены Вашей организацией поставщику, вероятнее всего, тоже на основании договора (Вы об этом не пишете в своем вопросе). В этом случае обязательство поставщика перед Вашей организацией по оплате штрафных санкций возникло также из договора.
В соответствии со ст. 410 ГК РФ обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования. Для зачета достаточно заявления одной стороны.
Обязательства Вашей организации по оплате суммы долга за поставленный товар и обязательства поставщика по оплате штрафных санкций Вашей организации являются однородными, так как и те, и другие относятся к денежным обязательствам. Срок исполнения данных обязательств наступил в соответствии с договором.

Вывод: начисленный и согласованный с поставщиком штраф можно зачесть в оплату по договору. Можно это сделать заявлением одной из сторон, но лучше письменным соглашением обеих сторон о зачете наступивших однородных требований с указанием оснований и сроков возникновения, а также суммы требований.